System Ninja part à la recherche de fichiers indésirables ou inutiles à supprimer pour accélérer les performances de votre ordinateur. Vous avez la possibilité d'effectuer un "scan" du disque dur dans sa totalité, ou de choisir quels dossiers ou répertoires sont à analyser. Vous pouvez ensuite les supprimer définitivement ou les conserver. De plus, System Ninja offre une fonction capable de gérer les applications et programmes qui se lancent automatiquement au lancement de votre PC. Notez enfin qu'une option de suppression d'historique de navigation est également incluse.
