PDFTK Builder propose une version graphique pour la version Windows de PDFTK destiné à le rendre plus simple à l'utilisation. L'application dispose de fonctionnalités originales comme le Background and Stamp qui consiste à insérer une image fond sur les pages ou un logo en haut de page. PDFTK Builder intègre également des fonctionnalités plus classiques comme le collage pour fusionner des document PDF entre eux, le découpage pour scinder le document PDF en plusieurs parties, la rotation de pages ainsi que la protection par mots de passe.
