ClearProg permet de nettoyer une multitude d'applications. Il est ainsi capable de supprimer les cookies, le cache ou l'historique par exemple, des navigateurs les plus répandus (Mozilla, Internet Explorer, Opera et Netscape.) ClearProg ne se limite pas aux navigateurs puisqu'il est également en mesure de supprimer les fichiers temporaires de Windows, vider la corbeille ou encore nettoyer certains historiques enregistrés par le système comme la recherche de fichiers, la commande Exécuter, les Documents récents du menu Démarrer, etc. Enfin, ClearProg peut supprimer la liste des documents que vous avez récemment ouvert dans l'une des applications intégrées à Office (Word, Excel, PowerPoint, Access, etc.), Windows Media Player, RealPlayer, Google Toolbar, OpenOffice.org, WinZip, etc.
